6月13日、令和3年度全国高校サッカーインターハイ（総体）予選が各地で開催され、新たに4校が全国切符を手にした。

　広島予選決勝は瀬戸内が初出場を目指す崇徳を3-1で下した。山口予選では高川学園が西京を4-1で下し全国切符を手にした。和歌山決勝はPK戦の末に初芝橋本が和歌山北を撃破。また、岡山決勝は、岡山学芸館が作陽を延長戦の末に1-0で下し全国大会出場を決めた。

　千葉では準々決勝が行われ、市立船橋が習志野に0-1で敗れた。また、神奈川予選では令和3年度関東高校サッカー大会神奈川予選覇者の日大藤沢、同準優勝の桐光学園、第99回全国高校サッカー選手権神奈川予選優勝の桐蔭学園が準々決勝敗退となる波乱が起きた。

■代表校
▽北海道・東北
北海道予選：
青森県予選：青森山田(21大会連続24回目)
岩手県予選：専大北上(2大会連続2回目)
宮城県予選：仙台育英(2大会ぶり20回目)
秋田県予選：西目(2大会ぶり8回目)
山形県予選：東海大山形(22大会ぶり3回目)
福島県予選：尚志(11大会連続13回目)

▽関東
茨城県予選：
栃木県予選：
群馬県予選：
埼玉県予選：
千葉県予選：
東京都予選：
神奈川県予選：
山梨県予選：

▽東海・北信越
新潟県予選：開志学園JSC(大会ぶり3回目)
富山県予選：高岡第一(4大会ぶり4回目)
石川県予選：星稜(9大会連続29回目)
福井県予選：丸岡(2大会連続32回目)、福井商(2大会ぶり3回目)
長野県予選：東京都市大塩尻(9大会ぶり5回目)
岐阜県予選：中京(2大会ぶり4回目)
静岡県予選：静岡学園(3大会ぶり7回目)
愛知県予選：中京大中京(3大会ぶり21回目)
三重県予選：三重(2大会ぶり6回目)

▽関西
滋賀県予選：比叡山(初出場)
京都府予選：東山(2大会ぶり3回目)
奈良県予選：山辺(初出場)
和歌山県予選：初芝橋本(4大会連続17回目)
大阪府予選：阪南大高(4大会連続5回目)、大阪桐蔭(5大会ぶり8回目)
兵庫県予選：関西学院(53大会ぶり2回目)

▽中国・四国
鳥取県予選：米子北(13大会連続16回目)
島根県予選：立正大淞南(2大会ぶり14回目)
岡山県予選：岡山学芸館(3大会ぶり5回目)
広島県予選：瀬戸内(2大会ぶり7回目)
山口県予選：高川学園(2大会ぶり23回目)
徳島県予選：徳島市立(7大会連続19回目)
香川県予選：尽誠学園(17大会ぶり2回目)
愛媛県予選：新田(2大会連続8回目)
高知県予選：高知中央(2大会ぶり3回目)

▽九州・沖縄
福岡県予選：飯塚(初出場)
佐賀県予選：佐賀東(2大会ぶり15回目)
長崎県予選：長崎総科大附(3大会ぶり4回目)
熊本県予選：大津(3大会連続21回目)
大分県予選：大分(3大会連続13回目)
宮崎県予選：日章学園(5大会連続16回目)
鹿児島県予選：神村学園(4大会連続7回目)
沖縄県予選：那覇(5大会ぶり6回目)