10月19日、日本サッカー協会(JFA)は公益財団法人 全国高等学校体育連盟および民間放送43社と協議の上、第99回全国高校サッカー選手権の開催を決定したことを発表した。

　開閉会式縮小、観客制限等の新型コロナウイルス感染症防止対策の上、大会が12月31日に開幕する。組み合わせ抽選会は11月16日にオンラインにて実施される。チケット販売概要などの詳細は決定次第発表されるという。

　参加チーム数は46道府県代表各1チームと加盟校数が最も多い東京都代表2チームの計48チーム。大会は12月31日に1回戦を実施し、1月2日に2回戦、3日に3回戦が開催。その後、5日に準々決勝、9日の準決勝を経て決勝が11日に埼玉スタジアム2002で行われる。

【大会形式】
ノックアウト方式により優勝以下第3位までを決定する。ただし、第3位決定戦は行わない。勝敗の決定しない場合はペナルティーキック方式により勝利チームを決定する。なお、決勝戦のみ延長戦を行い、それでも決しない場合はペナルティーキック方式を実施する。